WhatsApp'da yazışmaların şifreli olmasından sonra, Messenger da şifreli mesaj özelliğine sahip olacağını bildirdi. Messenger uygulaması zorunlu olduktan sonra milyonlarca kullanıcıya sahip olan Messenger artık yazışmalarda uçtan uca şifreli olacak.
Şuan beta sürümünde testi yapılan Messenger şifreleme özelliği sayesinde iki kişinin aralarında konuştukları yazışmalara hiçkimse ulaşamayacak. Bir tek istendiği zaman aktif hale getirilecek olan bu yeni özellikle mesajların başka kişilerce okunabilmesi tamamen engellenip güvenlik problemi kalkacak.